微生物菌肥根據(jù)所含微生物種類，大致可分為以下4種，細菌肥料、防“菌”肥料（如抗“生”素類）、真“菌”肥料（如根部真“菌”）、固氮肥料等。根據(jù)微生物菌肥的功能可將其分為，具有氮固定功能的細菌肥料，具有分解土壤有機質功能的細菌肥料，具有分解土壤不溶性礦物功能的細菌肥料，作物是利用土壤養(yǎng)分的細菌肥料，具有抵抗疾病、促進作物生長、增加作物產量、防治病蟲害功能的細菌肥料等等。

微生物菌肥是一類含有生命活力的微生物活菌制劑,具有固氮、解磷或解鉀,促進作物營養(yǎng)元素的吸收和利用,提高化肥利用率的功能。微生物肥料,能有效恢復地力,降低土壤板結,提高土壤肥力,增強作物抗逆性，增加土壤中有效養(yǎng)分。微生物能夠分泌生長類物質，從而提高作物對養(yǎng)分的吸收利用,促進作物生長,增強作物的抗逆性。這是生物肥料促進作物增產及改善作物產品品質的基礎,微生物菌肥發(fā)揮功效的關鍵在于其所含微生物有效活菌的數(shù)量。

農業(yè)部標準規(guī)定,菌肥粉劑類有效活菌數(shù)不低于2億/g,生物肥(大肥類)有效活菌數(shù)不低于2000億/g。而增產作用是多種效應綜合作用的結果。微生物肥料能夠刺激作物生長及防病和改善土壤結構的作用,是普通化學肥料所不具備的特有功效。施用微生物肥料是對作物根際微生態(tài)系統(tǒng)進行調控的一種農業(yè)技術措施。其內含的多種功能性微生物進人土壤后,除固氮、解磷、解鉀功能外,在生長繁殖過程中產生大量的次生代謝產物,這些產物能夠促進土壤團粒結構的形成,使土壤變得疏松、綿軟,保水保肥性能增強,水、氣、熱更加協(xié)調,減少土壤板結,為農作物提供舒適的生長環(huán)境。而土壤理化性狀的改善,增強了土壤有益微生物的活動,從而促使有機物分解轉化,有的還產生多種營養(yǎng)物質和刺激性物質,這些物質反過來又刺激微生物的生長發(fā)育,分泌更多的有益物質,促進作物生長,比較終達到增產增收的目的。

施用微生物菌肥的土壤有機質相比施用化肥也有所提升，是因為微生物菌肥中本身就含有大量有機質，用來確保微生物活性。微生物菌肥提高了土壤中全磷和速“效”磷的含量，是因為微生物菌肥中具有溶磷作用的擬桿菌門等微生物的增加，使得土壤中磷含量升高；微生物菌肥降低了全鉀和速“效”鉀的含量，原因是微生物菌肥中的解鉀菌株受耕作方式或者本身含量不足的影響，導致對土壤中的鉀元素利用率不高導致的，而且菌肥發(fā)揮肥效的本質是通過其本身含有的微生物復雜的生命活動以及與植物之間的相互作用來促進土壤肥力提升，而不是像化肥直接向土壤釋放各種養(yǎng)分，所以并未得到顯“著”提升。